В дендрарію і кущів, що трапляються на Поділлі, а також тих, які будуть інтродуковані і акліматизовані з інших географічно-флористичних областей. Дендрологічний матеріал розміщується за систематичним принципом (за системою Гроссгейма з деякими винятками) та ландшафтним стилем.

Типологічний відділ лісів Поділля імітує характерні для Поділля типи лісних асоціацій — грабової, дубової, грабово-дубової, березової, дубово-соснової, ялино-соснової, грабово-букової, модрино-дубової, модрино-ялинової, модринової та інших — всього 32 асоціації, розташованих на північному березі р. Вишні.

Лісові асоціації створюються поступово: спочатку висаджують дерева і кущі, а потім висівають трав'яні рослини. Характерні рослини переносять з дикої природи, а решту розмножують насінням. Особливу увагу приділяють рідкісним рослинам Поділля, зокрема, явору, клокічці, береці,' дикому аґрусу, чорній смородині, буку і іншим.

Для повнішої характеристики флори Поділля в ботанічному саду буде подана і степова рослинність. Залишки її можна знайти на схилах балок, на скелястих берегах річок та на узліссях дібров.

Ділянку степової рослинності розташовано поряд з дубовим лісом, який має елементи степової рослинності. Так буде показаний перехід від лісу до степу.

На систематичній ділянці трав'янистих рослин об'єкти, розташовані за Гроссгеймом, експонуються на газоні окремими куртинами. Окремі порядки в системі обсаджені самшитом та магонією.

Пришкільна навчально-дослідна ділянка займає площу 2 га. Вона повинна бути зразком для створення пришкільних ділянок в школах, а також місцем, де проводитимуться заняття з студентами та учнями. Тут закладений плодовий сад, кормова, польова і овочева сівозміни. Заплановано будівництво зеленого класу, метеомайданчика, колекційної та біологічної ділянок.

Уже тепер в ботанічному саду висаджено понад 400 тисяч дерев і чагарників, понад 450 видів рослин Поділля і інших географо-флористичних районів.

Саджанці збирали на Вінниччині, в Тернопольській, Київській та інших областях. Одноразово, маючи зв'язки з багатьма ботанічними садами СРСР, ми зібрали велику колекцію насіння (понад 1000 зразків), з яких вирощуються саджанці для поповнення дендрарію.

Зверена увага на рідкісні стародавні “живі викопні” рослини (гінкго, чарівний горіх, метасеквоя, магнолія, тюльпанне дерево та інші), дослідження яких допоможе вивчити особливості рослин минулих геологічних епох.

Гребля на р. Вишні дасть можливість створити на території ботанічного саду озеро, де будуть вирощувати цікаві вологолюбиві і водні рослини.

В ботанічному саду планується мати такі лабораторії: фізіології та біохімії рослин; селекції; генетики і цитології; плодових, лісних і декоративних культур; систематики, інтродукції і насіннєвого обміну.

В зв'язку з великим будівництвом в м. Вінниці і її озелененням, в ботанічному саду Поділля висаджені різні високодекоративні прищеплені форми дерев і чагарників, які служитимуть маточниками для розповсюдження і декоративного оформлення скверів і парків.